Sebelum proses kebiri kimia, terdapat tiga tahapan yang harus dilakukan yaitu, penilaian klinis, kesimpulan, dan pelaksanaan.
Untuk tahap penilaian klinis, dilakukan oleh tim yang terdiri dari petugas dengan kompetensi di bidang medis dan psikiatri.
Pada tahap ini, pelaku akan diwawancara klinis dan psikiatri, pemeriksaan fisik, serta pemeriksaan penunjang.
Setelah itu adalah tahapan kesimpulan yang mana merupakan hasil penilaian klinis.
Rangkaian tahapan ini untuk memberikan kelayakaan untuk pelaku persetubuhan apabila akan dikenakan kebiri kimia.
Proses pun berlanjut ke tahap pelaksanaan kebiri kimia dengan sudah adanya pernyataan pelaku layak untuk dikebiri kimia.
Sementara, pelaksanaannya dilakukan di rumah sakit milik pemerintah atau rumah sakit daerah yang ditunjuk.
Setelah dikebiri kimia, pelaku tersebut pun akan menjalani rehabilitasi.
Terdapat tiga jenis rehabilitasi yaitu, rehabilitasi psikiatrik, rehabilitasi sosial, dan rehabilitasi medis bagi pelaku kekerasan seksual yang menjalani kebiri kimia.
Sedangkan, pelaku perbuatan cabul menjalani rehabilitasi psikiatrik dan sosial.