Penyebab pemberontakan tahun 1641 sangat kompleks dan masih diperdebatkan oleh para sejarawan hingga saat ini.
Faktor kunci termasuk kebutuhan untuk mengakhiri diskriminasi agama, serta kemarahan yang berkepanjangan atas penjajahan sebagian besar negara oleh pemukim Protestan dari Inggris dan Skotlandia (contoh terbesar adalah Perkebunan Ulster).
Banyak umat Katolik Irlandia juga takut bahwa Perjanjian Skotlandia siap menyerang Irlandia untuk menopang posisi mereka melawan raja.
Pemberontakan dipimpin oleh bangsawan Katolik, dan pasukan mereka menyapu serangkaian kabupaten, mengklaim bertindak untuk mendukung Charles melawan lawan Protestannya di Parlemen.
Itu adalah periode yang brutal dan berdarah, dengan ribuan Protestan terbunuh atau dirampas.
Salah satu peristiwa paling terkenal adalah pembantaian Portadown pada November 1641, ketika pemberontak Katolik memaksa sekitar 100 tahanan Protestan telanjang dari jembatan ke sungai yang membeku di bawah.
Semua ini memperburuk gesekan antara Charles dan Parlemen, dengan beberapa orang percaya raja akan menggunakan pemberontakan sebagai dalih untuk mengumpulkan pasukan yang akan dia kendalikan secara langsung.
Pemberontakan Irlandia hanyalah bagian pembuka dari apa yang kemudian dikenal sebagai Perang Konfederasi Irlandia, dan membantu mendorong raja dan Parlemen menuju Perang Saudara.
Perang Saudara Inggris
Bertahun-tahun perbedaan pahit antara Charles dan Parlemen, diperburuk oleh masalah di Skotlandia dan Irlandia, akhirnya menyebabkan konflik fisik pada tahun 1642.
Inggris terbagi antara pasukan yang setia kepada raja, yang dikenal sebagai Cavaliers, dan anggota Parlemen yang kemudian dikenal sebagai Roundhead karena rambut mereka yang dipotong.