Pertunangan yang menentukan terjadi pada Pertempuran Naseby pada tahun 1645, ketika Roundhead dipimpin oleh seorang anggota parlemen yang berubah menjadi komandan militer bernama Oliver Cromwell menghancurkan Cavaliers.
Kekalahan itu mengubah keadaan melawan Charles, dan raja akhirnya ditahan.
Bertekad untuk kembali ke supremasi, dia membuat perjanjian rahasia dengan Skotlandia, berjanji untuk memberlakukan Presbiterianisme (Protes struktur semut Gereja Skotlandia) sebagai imbalan atas bantuan mereka dalam merebut kembali takhta.
Hal ini menyebabkan apa yang dikenal sebagai Perang Saudara Inggris Kedua, dengan serangkaian pemberontakan Royalis di seluruh negeri.
Kampanye tersebut gagal, dengan peluang Charles dipadamkan oleh kekalahan kunci Royalis di Pertempuran Preston pada 1648.
Karena kehabisan kesabaran dengan Charles, Parlemen mengadili raja atas tuduhan pengkhianatan.
Charles, yang sangat percaya pada hak ilahi raja, tidak mengakui otoritas pengadilan, tetapi dia dinyatakan bersalah sebagai 'tiran, pengkhianat, pembunuh, dan musuh publik'.
Surat kematiannya ditandatangani oleh 59 pejabat, termasuk Oliver Cromwell, dan dia dipenggal pada Januari 1649.
Cromwell akan mengkonsolidasikan kekuatannya dengan terlibat dalam kampanye militer berdarah untuk menaklukkan umat Katolik dan Royalis di Irlandia.
Peristiwa besar terakhir dari Perang Tiga Kerajaan dianggap sebagai Pertempuran Worcester pada bulan September 1651, ketika pasukan Cromwell mengalahkan pasukan yang setia kepada putra raja yang dieksekusi, Charles II, yang melarikan diri ke benua itu.
Cromwell kemudian menjadi Raja seperti Raja Pelindung dari tiga kerajaan pada 1653, meskipun Protektorat runtuh setelah kematiannya pada 1658.