Berdasarkan hasil reka adegan yang dilakukan jajaran Polda Metro Jaya, John Kei diketahui berada di dalam kamar Ayung saat pembunuhan terjadi.
Saat anak buahnya menghabisi nyawa Ayung, John Kei saat itu duduk mengamati.
John Kei terlibat dalam kasus pembunuhan ini diduga dilatarbelakangi motif yang lebih kuat dan lebih menguntungkan bagi John Kei ketimbang perkara jasa fee Rp 600 juta.
Keraguan motif pembunuhan Ayung itu salah satunya disampaikan oleh Wakil Direktur Reserse Umum Polda Metro Jaya Ajun Komisaris Besar Nico Afinta.
"Kalau motifnya menagih utang atau menagih fee, cara yang mereka tempuh sudah sangat berlebihan."
"Sepengetahuan dia, tak ada kelompok penagih utang menempuh cara brutal seperti yang mereka lakukan," kata Nico, dikutip dari pemberitaan Kompas.com, 1 Maret 2012.
Sejumlah pihak menduga, pembunuhan Ayung diduga dilatarbelakangi oleh perseteruannya dengan Ho Giok Kie alias Arifin terkait bisnis di PT Sanex Steel.
John Kei dinyatakan bebas bersyarat
Atas keterlibatannya dalam pembunuhan Ayung, John Kei dijerat Pasal 340 KUHP tentang Pembunuhan Berencana dan divonis penjara selama 12 tahun pada akhir 2012.
Vonis tersebut lebih ringan dibandingkan dengan tuntutan jaksa penuntut umum, yakni pidana 14 tahun.
Pada 29 Juli 2013, Mahkamah Agung (MA) menjatuhkan hukuman yang lebih berat kepada John Kei dari 12 tahun menjadi 16 tahun penjara.