Seiring dengan berlakunya Perjanjian Renville, Alex Kawilarang ikut pindah ke Yogyakarta.
Pada bulan Agustus 1948 Alex Kawilarang dikirim ke Sumatera untuk ikut mengadakan reorganisasi ketentaraan di sana.
Setelah penyerahan kedaulatan ia diangkat sebagai Panglima Teritorium Sumatera Utara dan berkedudukan sebagai Gubernur Militer (1950).
Alex Kawilarang kemudian ditugaskan untuk menumpas pemberontakan militer Andi Azis di Sulawesi Selatan.
Dalam operasi tersebut ia diangkat sebagai Panglima dari semua satuan (darat, laut dan udara) yang bertugas menjalankan operasi di wilayah Indonesia Timur.
Setelah pemberontakan tersebut berhasil ditumpas, Alex Kawilarang kembali ditugaskan untuk mengatasi pemberontakan RMS di Maluku dan Kahar Muzakar.
Pada November 1951, Alex Kawilarang diangkat sebagai Komandan Teritorium III Jawa Barat dengan pangkat Letnan Kolonel.
Pada saat inilah Alex Kawilarang memprakarsai dibentuknya Kesatuan Komando yang terlatih bertempur dalam satuan-satuan kecil yang serba bisa dan dapat diandalkan.