Setelah empat jam serangan berlangsung, pasukan Israel membersihkan semua halaman masjid.
Mereka kemudian pindah ke jamaah di dalam aula Qibli yang menolak untuk dipaksa keluar dan mengunci pintu.
Belasan petugas Israel menyusup ke aula dari pintu belakang di sebelah klinik masjid, yang juga mereka serbu, menurut Abu Diab.
Mereka kemudian menembak langsung ke arah jamaah, yang berlindung di balik pilar, sebelum pasukan Israel menangkap lebih dari 400 orang warga Palestina.
Diketahui, meskipun Israel telah berulang kali menyerbu Al-Aqsa dan menembakkan granat kejut dan gas air mata ke aula Qibli, sangat jarang pasukannya memasuki gedung berkubah berusia 1.000 tahun, terutama dalam jumlah besar.