Mengenai kesehatan mental Joann, menurut sebuah artikel di The Journal of Humanistic Psychiatry, banyak yang percaya dia gila.
Ini karena dia adalahhasil pernikahan antara sepupu kedua, yang mungkin telah berkontribusi pada gangguan psikologis yang dia alami.
Atau bisa juga dia menderita penyakit psikologis karena menjadi boneka politik.
Sejarawan berspekulasi bahwa Joann mungkin menderita depresi atau gangguan bipolar.
Walau begitu, semakin banyak anggota keluarga Habsburg yang menikah dan semakin banyak pernikahan incest yang terjadi.
Philip III dari Spanyol dan Margarita dari Austria, yang merupakan keturunan dari dua pasangan paman-keponakan, memiliki dua anak, keduanya adalah saudara yang menikah.
Lalu Maria Anna dari Spanyol, menikah dengan Kaisar Romawi Suci Ferdinand III pada tahun 1631 dan putra mereka, Philip IV, menikahi putri dari pernikahan saudara perempuannya, Mariana dari Austria, yang merupakan keponakan dan sepupunya.
Hingga lahirnyaCharles II dari Spanyol. Dari sinilah masalah muncul.
Charles II tidak subur, memiliki lidah yang sangat besar sehingga dia hampir tidak bisa berbicara, memiliki rahang yang rapat sehingga giginya tidak dapat bertemu, dan tidak dapat berjalan sampai dia hampir dewasa.
Pada saat itu dia mengalami kesulitan berjalan sehingga dia jatuh secara teratur.
Charles II akhirnya menandai berakhirnya dominasi dinasti Habsburg.