Pada 1957, Jenderal AH Nasution yang saat itu KSAD menunjuk Sutowo untuk mengelola PT Tambang Minyak Sumatra Utara (PT Permina).
Kemudian pada tahun 1968, perusahaan ini digabung dengan perusahaan minyak milik negara lainnya menjadi PT Pertamina.
Ibnu pun diangkat menjadi Direktur Utama pada tahun 1968 sampai tahun 1976.
Ibnu Sutowo.
Pada zaman itu, Ibnu dikenal sebagai tokoh yang terpandang.
Dikabarkan lewat Harian Indonesia Raya yang dipimpin Mochtar Lubis pada 30 Januari 1970, memberitakan bahwa simpanan Ibnu Sutowo pada saat itu mencapai Rp 90,48 miliar.
Dia menuliskan juga kerugian negara akibat kongkalikong Ibnu dan pihak Jepang.
Saat itu, pemerintah Indonesia di bawah Presiden Suharto membentuk tim yang bernama Komisi Empat untuk menyelidiki dugaan korupsi di Pertamina.
Tim ini menghasilkan laporan yang menyimpulkan terjadinya beberapa penyimpangan-penyimpangan.
Pada 1975, Pertamina jatuh krisis, kemudian pada 1976 Ibnu mengundurkan diri sebagai Dirut Pertamina.
Saat ditinggalkan Ibnu, Pertamina dalam kondisi utang US$ 10,5 miliar.