Sejak bulan Oktober 2008, Zulkifli ditugaskan untuk mensupervisi anak perusahaan yaitu Bank Syariah Mandiri.
Pada Mei 2010 sampai dengan Juni 2010, Zulkifli ditugaskan menjadi Managing Director Technology & Operation Bank Mandiri.
Lalu, pada Juli 2010 sebagai Direktur Utama perbankan pelat merah tersebut pada 2010.
Pada November 2010, dia ditugaskan sebagai Ketua Komite Tetap Kebijakan Keuangan (bidang Perbankan dan Financial) di Kamar Dagang dan Industri (KADIN).
Pada Juni 2011, Zulkifli terpilih menjadi Ketua Umum Ikatan Bankir Indonesia (IBI).