Selain itu, PKI menjadi semakin berani dalam memperlihatkan kecenderungannya terhadap kekuasaan.
Pada 30 September 1965, terjadilah tragedi nasional yang dimulai di Jakarta dengan diculik dan dibunuhnya enam orang jenderal dan seorang kapten.
Peristiwa ini lebih dikenal sebagai Peristiwa G30S.
Pemerintah Orde Baru di bawah Jenderal Soeharto mengeluarkan versi resmi, PKI adalah pelakunya
Sebagai pimpinan partai, Aidit dituduh sebagai dalang peristiwa ini.
Aidit pun meninggal dalam pengejaran oleh militer, ketika dia melarikan diri ke Yogyakarta.
Namun, ada beberapa versi tentang kematian Aidit.
Menurut versi pertama, Aidit tertangkap di Jawa Tengah.
Lalu, ia dibawa oleh sebuah batalyon Kostrad ke Boyolali dan ditembak mati.
Lalu versi yang lainnya mengatakan, Aidit diledakkan bersama-sama dengan rumah tempat dia ditahan.
Hingga sekarang, tidak diketahui di mana jenazahnya dimakamkan.