Di Ibu Kota, ia memulai karier sebagai Wakil Gubernur DKI Jakarta berpasangan bersama Joko Widodo pada 2012.
Setelah Jokowi terpilih menjadi Presiden RI pada Pilpres 2014, Ahok menggantikan Jokowi sebagai Gubernur DKI Jakarta.
Namun karier politik Ahok yang moncer akhirnya tersandung kasus penistaan agama menjelang pemilihan kepala daerah DKI Jakarta 2017.
Ahok dan Anies Baswedan
Ahok menghadapi kasus penistaan agama sejak 2016 dan divonis dua tahun penjara pada 9 Mei 2017.
Ia dinyatakan bebas pada 24 Januari 2019
Kesempatan untuk bisa mencalonkan diri sebagai Gubernur DKI Jakarta bisa didapat Ahok apabila sudah melewati lima tahun usai dibebaskan dari tahanan.
Hal tersebut tertuang dalam Putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 56/PUU-XVII/2019 yang memungkinkan seorang mantan narapidana mencalonkan diri sebagai gubernur, tetapi dengan syarat menunggu jeda waku lima tahun setelah melewati masa pidana penjara.
Selain itu, Ahok juga wajib mengumumkan mengenai latar belakang dirinya sebagai mantan narapidana jika ingin mencalonkan diri sebagai kepala daerah.
Putusan MK tersebut mengubah Pasal 7 ayat 2 huruf G Undang-Undang Nomor 10 Tahun 2016 tentang Pilkada yang sebelumnya tidak ada persyaratan jeda waktu kini harus ada jeda waktu lima tahun.