Perbedaan mendasar pelaksanaan PPDB 2018 dan PPDB 2019:
1. Penghapusan SKTM dalam PPDB 2019
Dalam PPDB 2019, Surat Keterangan Tidak Mampu (SKTM) tidak berlaku.
Di beberapa daerah, SKTM ini sempat menimbulkan polemik karena ada dugaan disalahgunakan.
Dalam PPDB 2019, siswa dari keluarga tidak mampu tetap menggunakan jalur zonasi ditambah dengan program pemerintah pusat (KIP) atau pemerintah daerah untuk keluarga tidak mampu.
2. Lama domisili
Dalam PPDB 2018, domisili berdasarkan alamat Kartu Keluarga (KK) yang diterbitkan minimal 6 bulan sebelumnya.
Sedangkan dalam Permendikbud baru untuk PPDB 2019 didasarkan pada alamat KK yang diterbitkan minimal 1 tahun sebelumnya.
3. Pengumuman daya tampung
Untuk meningkatkan transparansi dan menghindari praktik jual-beli kursi, Permendikbud baru ini mewajibkan setiap sekolah peserta PPDB 2019 untuk mengumumkan jumlah daya tampung pada kelas 1 SD, kelas 7 SMP dan kelas 10 SMA/SMK sesuai dengan data rombongan belajar dalam Data Pokok Pendidikan (Dapodik).
Permendikbud sebelumnya belum mengatur secara detil perihal daya tampung ini hanya menyampaikan
"daya tampung berdasarkan ketentuan peraturan perundangan (standar proses)".