Pada 1963, Ia dikirim ke Amerika Serikat guna mengikuti kursus militer di Associated Command and General Staff College di wilayah Fort Leavenworth.
Pandjaitan juga sempat ditugaskan menjadi atase militer Indonesia di wilayah Bonn pada 1960.
Dua tahun kemudian, ia ditugaskan kembali sebagai Menteri Panglima Angkatan Darat Jenderal AH Nasution di bagian logistik.
Kemudian pada 1 Oktober 1965 dini hari, Pandjaitan diculik oleh Resimen Cakrabirawa.
Ia menjadi salah satu korban G30S.
Hingga kini, Pandjaitan telah dikenal sebagai pahlawan revolusi.