Dia meninggal pada Mei 2018 di penjara dengan keamanan maksimum Full Sutton, sendirian dan dalam penderitaan di selnya pada usia 72 tahun.
Nilsen telah mengeluh sakit perutdan dibawa ke Rumah Sakit York di mana dia didiagnosis dengan aneurisma aorta perut yang pecah, yang berhasil diperbaiki oleh ahli bedah.
Namun, operasi tersebut menyebabkan pembekuan darah dan pemeriksaan Nilsen memprediksibahwa dia akan meninggal perlahan selama dua setengah jam.
Ketika dia ditemukan sendirian di selnya, dia terbaring dengan kotorannya sendiri dan petugas pemeriksa mayat mendengar bahwa Nilsen menghabiskan jam-jam terakhirnya dengan'rasa sakit yang luar biasa'.(Ervananto Ekadilla/Adrie Saputra/Suar.ID)