Setelah itu, sejak 1 September 1991, Sjafrie menjabat Wakil Asisten Operasi Komandan Kopassus sejak 2 Juni 1993 dan Komandan Grup A Pasukan Pengaman Presiden.
Awal Maret 1995, Sjafrie menjabat sebagai Komandan Korem (Danrem) 061 Suryakencana Bogor.
Kurang dari satu tahun kemudian, 1 Februari 1996, Sjafrie menjadi Kepala Staf Garnisun (Kasgar) I Ibu Kota dengan pangkat brigadir jenderal.
Pada Agustus 1996, Sjafrie menjabat sebagai Kepala Staf Kodam Jaya.
Saat itu, ia menggantikan posisi Mayjen Susilo Bambang Yudoyono.
Harian Kompas, 13 September 1997, memberitakan, satu tahun kemudian, Sjafrie diangkat menjadi Panglima Kodam Jaya pada tahun 1997.
Ia menggantikan posisi Mayjen TNI Sutiyoso setelah terpilih sebagai Gubernur DKI Jakarata.
Sjafrie juga pernah menjabat sebagai Koordinator Staf Ahli (Korsahli) TNI pada tahun 2001.
Setelah itu, ia diangkat menjadi Kepala Pusat Penerangan (Puspen) TNI, menggantikan Marsekal Muda Graito Usodo pada tahun 2002.
Pada 2005, Sjafrie diangkat sebagai Sekretaris Jenderal Departemen Pertahanan.