Sang Merah Putih juga disebut pernah menjadi bendera perjuangan Pangeran Diponegoro (1825-1830).
Pada masa perlawanan itu, masyarakat di sekitaran Gua Selarong (kini di Kabupaten Bantul) mengibarkan bendera merah putih saat Diponegoro berangkat dan memimpin pasukannya melawan Belanda.