Karier cemerlangnya semakin memuncak tatkala di tahun 2012 - 2014 Doni diangkat menjadi Komandan Paspampres di era Presiden SBY.
Selepasanya, Doni kembali ke koprs baret merah menjadi Danjen Kopassus pada tahun 2014 - 2015.
Mengutip Kompas.com, Doni kemudian menjadi Panglima Kodam XVI Pattimura di Ambon tahun 2015-2017. Lalu Pangdam III Siliwangi di Jawa Barat tahun 2017-2018.
Hingga kemudian ditunjuk sebagai Kepala BNPB, ayah tiga anak ini menjabat sebagai Wantanas sejak Maret 2018 sebelumnya dan memperoleh bintang tiga di pundaknya.