Namun, hasil perjanjian Renville memutar nasib Amir 180 derajat.
Saat itu, Amir menjadi negosiator utama RI dalam perjanjian itu.
Isi perjanjian Renville memang tak menguntungkan RI.

Semuanya Ditembak Mati, Seperti Apa Akhir Hidup 5 Tokoh PKI yang Misterius? Amir Syarifuddin, salah seorang tokoh PKI
Belanda hanya mengakui Yogyakarta, Jawa Tengah dan Sumatera.
Maka, Amir dikecam dari segala penjuru.
Kabinetnya pun jatuh.
Dia kemudian bergabung dengan Muso dalam Negara Republik Soviet Indonesia di Madiun pada 19 September 1948.
Saat pemberontakan Madiun dihancurkan TNI, Amir melarikan diri.
Dia akhirnya ditangkap TNI di hutan kawasan Purwodadi.
Pada 19 Desember 1948, bersamaan dengan Agresi Militer II, Amir ditembak mati bersama para pemberontak Madiun yang tertangkap.
Eksekusi dilakukan dengan buru-buru.