Namun sebenarnya, Gerwani mempunyai beberapa ketidaksetujuan internal atas pernikahan poligami yang dilakukan Presiden Soekarno.
Organisasi Gerwani memiliki puncak pengikut sekitar 1,5 juta anggota pada 1965.
Pada relief yang terdapat di Monumen Pancasila Sakti, di bawah patung tujuh Pahlawan Revolusi, terdapat relief anggota Gerwani yang menari di sekeliling relief eksekusi G30S terhadap tujuh Jenderal di Lubang Buaya.
Relief tersebut dibuat oleh rezim orde baru yang mempropagandakan Gerwani sebagai perempuan anggota PKI dan terlibat G30S tanpa bukti nyata.
Hal ini tertulis dalam buku Dalih Pembunuhan Massal oleh John Roosa.
Gerwani dianggap oleh Orde Baru sebagai noda satu organisasi yang terlibat dalam peristiwa Gerakan 30 September.
Dalam film Pengkhianatan Gerakan 30 September/PKI karya Arifin C Noer, digambarkan penyiksaan para Jendral yang ditangkap sebelum mereka dibunuh di Lubang Buaya.
Akhirnya, organisasi G30S dilarang bersama dengan sebagian besar kelompok bertujuan kiri yang lain.
Tentara pada masa itu menuduh, anggota Gerwani telah membantu membunuh para Jenderal.
Mereka difitnah telah menari telanjang.
Bahkan, melakukan penyiksaan terhadap tawanan mereka.