Namun, ide ini ditolak mentah-menta oleh Sekretaris Perang, Henry Stimpson.
Sampai pada pertemuan kedua, para petinggi militer AS memutuskan Kyoto-lah yang menjadi target pertama.
Baru kemudian Hiroshima, disusul Yokohama, target keempat Kokura, dan target kelima Niigata.
30 Mei 1945 Stimson bertemu Groves membicarakan target pengeboman.
Tapi tetap saja Stimpson menolak ide Kyoto sebagai target pengeboman.
Tanggal 6 Juni 1945 Stimpson bertemu Presiden Truman mengimbau agar tidak mengebom Kyoto.
Ada dua alasan Stimpson.
Pertama ia tak mau citra AS jelek di masa depan.
Ia tak mau AS disangka seperti Hitler juga yang kejam. Kedua, menurut Stimson, bom nuklir yang akan dijatuhkan itu akan menghancurkan Kyoto sebagai kota budaya.
Truman akhirnya setuju dan pada 25 Juli 1945 ia memutuskan bahwa target pertama pengeboman pada 6 Agustus adalah Hiroshima.